Ο Νικόλαος Ιωαννάτος διορίστηκε Σύμβουλος του Επιμελητηρίου Βοιωτίας από τη Νομαρχία Βοιωτίας, έπειτα από την αποχώρηση του προηγούμενου Προέδρου λόγω συνταξιοδότησης. Στη συνέχεια, εκλέχθηκε Πρόεδρος από τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου στις 11 Νοεμβρίου 1985.
Στο πλαίσιο των περιορισμένων αρμοδιοτήτων που διέθεταν τότε τα Επιμελητήρια, εργάστηκε με συνέπεια και ζήλο για την προώθηση των στόχων και θεμάτων του φορέα. Διοργάνωσε ενημερωτικές διαλέξεις με τη συμμετοχή πανεπιστημιακών καθηγητών και ανώτερων κρατικών στελεχών, επιδιώκοντας την επιμόρφωση και την ενίσχυση της τοπικής επιχειρηματικότητας.
Παρά τα περιορισμένα οικονομικά του Επιμελητηρίου, κάλυπτε συχνά εξ ιδίων πόρων τις δαπάνες κοινωνικών και θεσμικών εκδηλώσεων, επιδεικνύοντας προσωπική αφοσίωση στον θεσμό. Παρέμεινε στη θέση του Προέδρου έως τις 5 Δεκεμβρίου 1987. Στις εκλογές που ακολούθησαν εξελέγη εκ νέου Σύμβουλος και υπηρέτησε το Επιμελητήριο έως το 1993, οπότε και αποχώρησε λόγω αυξημένων επαγγελματικών υποχρεώσεων.